تعداد 109 اثر از آثار برگزیده بنیاد پژوهش‌های اسلامی آستان قدس رضوی در موضوعات مختلفی اعم از تاریخ و جغرافیای ممالک اسلامی، کلام و فرق اسلامی، فسلفه، عرفان و ادیان، قرآن و مطالعات قرآنی، سرگذشت‌نامه‌ها و سیره معصومین(ع)، فقه و اصول، اخلاق و تربیت اسلامی و... و 10 اثر از آثار برگزیده این مرکز با محوریت کودک است.
«آثار سنگی موزه آستان قدس رضوی»،«اسلام وهنر»،«امر به معروف و نهی از منکر در اندیشه اسلامی»،« برگ‌هایی نفیس از قرآنهای منسوب به خط ائمه معصومین(ع)»،«تزئینات معماری بارگاه حرت رضا(ع)»،«جغرافیای تاریخی هجرت امام رضا(ع)»،«الصحیح فی فضل الزیاره الرضویه»،« فرازهایی از سخنان امام رضا(ع)» و... از جمله عناوین آثاری است که در محافل مختلف علمی به عنوان اثر برگزیده انتخاب شده است.
این آثار در محافل علمی همچون نهمین جشنواره بین‌المللی کتاب سال رضوی، هفتمین فراخوان آثار پژوهشی حوزه علمیه خراسان، مسابقه جهانی نگارش کتاب امام رضا(ع)، هشتمین دوره کتاب سال ولایت، همایش تجلیل از خادمان قرآن کریم در حوزه فرهنگ مکتوب و... به عنوان آثار برگزیده انتخاب و شایسته تقدیر شده است.
«افسانه انسان»،«افسانه درخت خرما و بزی»،«انسان‌هایی که می‌توانستند پرواز کنند»،« برادر عقاب، خواهر آسمان»،«پروانه حرم»،« خسته نباشی»،« مجموعه کتاب‌های آهو»،« جبهه در یک آلبوم»،« پروانه حرم» و.. نیز از عناوین آثار بنیاد پژوهش‌های اسلامی آستان قدس رضوی در حوزه کودک است که در شورای کتاب کودک، سی و‌چهارمین دوره فعالیت شورای کتاب کودک، جشنواره ملی کتاب سال کودک و... به عنوان اثر برگزیده انتخاب شده است.